工程物流的运输主要采用铁路、公路、水运和航空等四种运输方式。一般而言，只要有可能，对于远距离的运输尽量铁路和水路，近距离则采用公路，时间紧急的考虑选择空运，这是由于各种运输方式的特点决定的。
(一)公路运输
公路运输能够承运各种特大件、特重件、特长件和超高超宽件，一般三级公路就可满足重件车队的通行要求。公路运行机动灵活、便于指挥，可以实行全程现场监控，有问题随时增援，能实行“门到门”的服务，但大件运输由于车组的轮密、轴多、轴负荷较大，同时因大型平板车运行速度极慢(一般为3～5km/h)，严重影响沿线交通的正常秩序；当重量超过公路和桥梁的设计承载力时，还要进行加固处理，更加剧了交通堵塞，因此，只有短途运输或小规模物资才考虑采用公路运输。
(二)铁路运输
铁路因是专用线路，所以是最为安全、顺畅的运输方式，主要优点是不受气候影响，可深入内陆实现货物长距离的准时运输。但是受铁路的建筑界限、桥梁负荷和车辆等级限制，对货物的尺寸有严格的要求。另外，由于铁路的专用性，难以实现“门到门”的服务，一般还需要汽车倒载完成全程运输。
(三)水路运输
与陆上运输相比，水路运输不仅对重大件的重量、尺寸限制最少，并且经济。现在，国内、国际超大件的运输基本上采用水路运输。
(四)多式联运
多式联运是在集装箱运输的基础上产生和开展起来的，是货物运输的一种较高组织形式。